Absolvent magisterského oboru M-BEI má znalosti z oblasti přístrojové a měřicí techniky, zpracování a analýzy měřicích dat, signálů a obrazů, a rovněž o aplikacích umělé inteligence k řešení složitých a neurčitých problémů charakteristických pro humanitní oblast. Ve specializovaných předmětech se seznámí s diagnostickou technikou pro lékařské i ekologické aplikace, se speciálními zobrazovacími systémy, s terapeutickou, protetickou a laboratorní technikou, se zásadami návrhu technických systémů pro zdravotnictví, environmentalistiku a jiné humanitně orientované oblasti. Z uživatelského hlediska se také důkladně seznámí s informatizací zdravotnictví a environmentalistiky.

Absolvent je kvalifikován v teoretických i praktických aspektech obecné elektronické inženýrské praxe a navíc je seznámen se zvláštnostmi aplikací v oblasti biomedicínského resp. klinického a ekologického inženýrství. Díky kvalitnímu teoretickému vzdělání a širokému univerzálnímu základu aplikačně zaměřeného oborového studia je přitom zajištěna jeho vysoká adaptabilita na konkrétní požadavky jeho budoucí profesionální praxe. Absolventi magisterského oboru Biomedicíncké a ekologické inženýrství mohou uplatnit získané specielní znalosti zejména při zaměstnání v oblasti zdravotnictví (nemocnice, kliniky, výzkumné ústavy), ve výrobních podnicích lékařské techniky, nebo v institucích zajišťujících diagnostiku a ochranu životního prostředí. Široký základ studia jim však umožňuje pracovat i mimo tuto oblast, jako inženýři-elektronici, zaměření na přístrojovou, měřicí a mikroprocesorovou techniku a na využití informačních technologií. Ve všech těchto oblastech jsou rovněž schopni zastávat vyšší technické řídicí a manažerské funkce. Jejich mezioborové studium a stáže na klinických a environmentálních pracovištích jim navíc umožňují efektivní komunikaci s medicínskými a environmentálními specialisty.